Nykymuodossaan tunnetun fanifiktion synty sijoittuu jotakuinkin 1960-luvulle, jolloin monet fanit alkoivat kirjoittaa erilaisia jatkokertomuksia Star Trek –sarjalle. Fanifiktion syntymää johti siis fandomin eli faniyhteisöjen kasvu. Fanifiktioiden kirjoittajat kirjoittavat tavallisesti valitsemansa alkuperäistekstin henkilöistä tai sivuhenkilöistä laajentaen tai muuttaen alkuperäistekstin juonta tai näkökulmaa.Fanien kirjoittamia tarinoita alettiin jakaa ensin vain paperiversioina fanilta toiselle ja myöhemmin fanien muodostamien omakustanteisten lehtien suurissa tapaamisissa. Vaikka ilmiö on jo vanha, fanifiktiot ovat pysyneet alakulttuurissa pitkään.Internetin yleistyttyä 1990-luvulla myös fanifiktiot siirtyivät paperimuodosta virtuaaliseen maailmaan, antaen ilmiölle uuden mahdollisuuden kasvaa valtavirran suosioon. Ilmiön tullessa tutuksi lähes koko länsimaiselle väestölle myös harrastajien määrä alkoi kasvaa nopeasti. Myös kirjoittajia alkoi luonnollisesti ilmestyä lisää. Fanifiktiot lähtivät liikkeelle paperiversioista, mutta ovat vuosien aikana siirtyneet internetin foorumeille, arkistoihin tai kirjoittajien omille nettisivuille. Tavallisesti sivustot erikoistuvat yhteen tiettyyn fandomiin tai kyseisen fandomin alalajeihin.2000-luvun aikana lähes kaikki fanifiktion kirjoittaminen on siirtynyt internetiin. Sitä on alettu myös tutkia enemmän, sillä alakulttuuri on kasvanut ja tullut näkyvämmäksi internetin avulla kasvaneen suosion myötä.Tänä päivänä fanifiktiota kirjoitetaan käyttäen hyväksi jotain populaarikulttuurin tuotetta. Suosittuja fanifiktioita kirjoitetaan elokuvista, televisiosarjoista, kirjoista ja sarjakuvista. Hyvinä esimerkkeinä suosituista fanifiktion aiheista ovat muun muassa Harry Potter, Doctor Who sekä Buffy, vampyyrintappaja.